Antibiotika werden im Herstellungsprozess mancher Impfstoffe eingesetzt, um Kontaminationen durch Bakterien zu verhindern. Im fertigen Impfstoff finden sich möglicherweise Spuren des verwendeten Antibiotikums (z.B. Tetracyclin, Kanamycin, Gentamicin, Neomycin, Polymyxin, Streptomycin). Selten kommt auch das fungizide Mittel Amphotericin B bei der Herstellung zum Einsatz. Personen mit entsprechenden Allergien sollten zuvor den Rat eines Experten einholen.

Ovalbumin ist das mengenmäßig häufigste Protein im Eiklar von Vogeleiern. Impfstoffe, die in Hühnereiern produziert werden, können Reste von Hühnereiweiß enthalten. Generell stellt dies für Personen mit einer entsprechenden Allergie kein Problem dar. Menschen mit einer schweren Hühnereiweiß-Allergie (bekannte Auslösung eines anaphylaktischen Schocks) sollten jedoch von einem Spezialisten in einem Krankenhaus geimpft werden, wo notfalls schnell Hilfemaßnahmen eingeleitet werden können. Einzelne Impfstoffe werden in embryonalen Hühnerzellen produziert anstatt in Eiern. Solche Impfstoffe können selbst schwere Allergiker gefahrlos erhalten. In Deutschland können Impfstoffe gegen FSME, Tollwut sowie Masern-Mumps-Röteln (MMR) Spuren von Hühnereiweiß aufweisen, höhere Mengen können im Gelbfieber-Impfstoff sowie in Influenza-Impfstoffen enthalten sein.

Hefe wird im Herstellungsprozess einzelner Impfstoffe eingesetzt, es bestehen hier keine Anhaltspunkte für das Auftreten von allergischen Reaktionen.

Die Umverpackung mancher Impfungen kann Latex enthalten, mit welchem bspw. die Kanüle einer Fertigspritze in Berührung kommt. Personen mit einer schweren Latexallergie (bekannte anaphylaktische Reaktion) sollten zuvor den Rat eines Experten einholen, für Menschen mit einer Latex-Kontaktallergie ist die Impfung hingegen unbedenklich.

Formaldehyd ist eine organische Verbindung, die im Zuge der Impfstoffherstellung zur Inaktivierung bakterieller oder viraler Toxine eingesetzt wird. Im fertigen Impfstoff finden sich möglicherweise Spuren der Verbindung. Formaldehyd wird auch im menschlichen Körper produziert, der natürliche Gehalt im Blut eines Säuglings ist etwa 10x höher als der in jeglichem Impfstoff. Glutaraldehyd ist eine ähnliche Verbindung, die ebenfalls zur Inaktivierung von Toxinen eingesetzt wird; weitere hierzu genutzte Substanzen sind ß-Propiolakton sowie Kaliumthiocyanat. Auch von diesen Verbindungen können Spuren in fertigen Impfstoffen enthalten sein.

Cetrimoniumbromid (syn. Cetyltrimethylammoniumbromid), Natriumdesoxycholat und Octoxinol 9/10 sind sog. Detergenzien (grenzflächenaktive Stoffe) und werden bei der Herstellung mancher Impfstoffe dazu eingesetzt, die Gesamtstruktur des Antigens aufzulösen.

Säureregulatoren sorgen für die Aufrechterhaltung eines geeigneten pH-Wertes. Es kommen hier in sehr geringen Mengen zum Einsatz:

Es wird ggf. die Verbindung Phenolrot als pH-Indikator zugesetzt.

Unter Nutzung von Bariumsulfat kann die Anzahl Bakterien in einer Suspension bestimmt werden.

Bei manchen Impfstoffen muss der aktive Inhaltsstoff in Kulturen menschlicher Zelllinien produziert werden. Im Anschluss werden mehrere Aufreinigungsschritte durchgeführt, um Zellreste zu entfernen. Wieder andere Impfstoff-Antigene werden in Tierzelllinien produziert und am Ende aufgereinigt. Ein Risiko für die Übertragung von Tierkrankheiten besteht dabei nicht.

Der nasale Grippe-Lebendimpfstoff sowie der COVID-19 Vektorimpfstoff enthalten genetisch veränderte Organismen (GVO). Hier wurden verschiedene Gene kombiniert, um einen Erreger mit den gewünschten Eigenschaften zu erzeugen.